pg电子,pg电子娱乐

pg电子-pg电子娱乐
English
创新创业Innovation
创新创业
当前位置: pg电子  > 创新创业  > 正文
油菜团队联合生物信息团队发布油菜转录数据库
来源:pg电子娱乐 发布时间:2021-07-16


1

近日,Plant Biotechnology Journal杂志在线发表了题为“BnTIR: an online transcriptome platform for exploring RNA‐seq libraries for oil crop Brassica napus”的文章,提供了涵盖油菜苗期、开花期、成熟期三个阶段,共91个组织样本的转录组数据,并以此为基础搭建了油菜转录信息资源数据库BnTIR(http://yanglab.hzau.edu.cn/BnTIR)。该研究工作由我校油菜团队和生物信息团队共同完成。

据了解,油菜作为我国最重要的油料作物之一,种植面积常年稳居世界第一,产业集观赏、蜜源、生态、经济作物等多种功能于一身。菜籽油是我国传统的食用油,占国产植物油总量的40%以上,被认为是最有利于身体健康的食用油之一。油菜基因组测序的完成,极大地推动了油菜基础研究的进展,基因组测序技术广泛应用和测序数据的积累,为研究人员挖掘重要的功能基因提供了便利。在过去的十年时间里,研究者鉴定了数以百计的控制油菜重要农艺性状的遗传位点。但我们对于这些位点的主效基因及其分子机制的了解非常有限。系统全面的基因表达信息有助于研究者们快速挖掘候选基因、分析目标基因的表达特征,为基因的功能研究提供相应的基础和支撑。因此,一套系统的,覆盖油菜全生育期、全组织的高分辨率转录组数据将会极大地促进油菜遗传育种和基因功能研究。

在该研究中,研究者基于高质量的转录组,建立了BnTIR数据库,该数据库集合了基因表达信息查询、eFP可视化、基因共表达网络、基因组浏览器等功能模块,并提供了基因ID转换、序列比对、序列提取、转录因子家族以及热图绘制等工具,为研究者提供了一个方便快捷、功能全面的信息获取平台。另外,数据中还包括了油菜发育中种子26个时间点的基因表达谱,这对于油菜种子发育过程相关研究具有重要意义。

我校信息学院博士研究生刘东旭、硕士研究生魏璐露和植物科学技术学院博士研究生余良倩为该文章共同第一作者。我校郭亮教授、杨庆勇副教授、戴成副教授和鲁少平副研究员为该文章共同通讯作者。周永明教授和王学敏教授参与了项目指导。本研究得到了国家重点研发计划(2017YE0104800, 2016YFD0101000)、111计划(B20051)等项目的支持。

---友情链接---
pg电子 中国研究生招生信息网 中国学位与研究生教育信息网

版权所有pg电子   党委研究生工作部

地址:湖北省武汉市洪山区狮子山街1号pg电子    邮箱:yjs@mail.hzau.edu.cn    电话:027-87282049    邮编:430070